קיימים חששות שונים סביב נושא הטיפול בהיפנוזה, בין היתר שאלות לגבי מי שולט בתהליך ההיפנוזה, עד כמה קיים סיכון שהאדם יפעל בניגוד לרצונו, והאם הוא עלול "להיתקע" במצב היפנוטי.
בעבר נהגו להפנט כחלק מתוכניות בידור, אך התברר שהטיפול בהיפנוזה יכול להיות מסוכן בידיים לא מיומנות, ולכן חשוב מאוד להקפיד על כך שהמהפנט הוכשר בצורה נאותה ובהתאם לחוק. כשההכשרה נעשית בהתאם לדרישות החוק, המהפנט לומד בין היתר להתמודד עם סיבוכים אפשריים ולהתגבר עליהם וכך למנוע סיכון של המטופל.
חשוב להבין כי כשהאדם נמצא בתהליך היפנוטי טיפולי המתרחש מול מהפנט מורשה, שאליו פנה המטופל מרצונו החופשי, תוך אמון מלא במטפל, ללא צופים וללא כל אלמנט בידורי, הוא אינו נמצא בסכנה. מכיוון שבמצב היפנוטי כזה, האדם נכנס מרצונו החופשי, הוא גם יצא ממנו בכל עת שירצה, תוך תיאום והבנה עם המהפנט. כשאדם נמצא בטראנס היפנוטי הוא ממשיך להיות מודע לזהותו ולמתרחש סביבו, משחרר את השליטה אך ורק עד לדרגה אשר הוא באמת מוכן לה ולא מעבר לכך, וזוכר את מה שהתרחש תחת היפנוזה (אלא אם כן ניתנת סוגסטיה מפורשת לאובדן הזיכרון כתוצאה מהחלטה משותפת של המהפנט והמתהפנט). כמו כן, רוב המומחים בתחום מסכימים כי מהופנט לא ינהג במהלך היפנוזה באופן שונה מאשר מאפשרות לו סך כל המערכות של האמונות וההתנהגויות אשר אותן רכש במהלך ימי חייו. אם כן, היפנוזה ככלי אינה מסוכנת, אך חשוב להקפיד שהמטפל המשתמש בהיפנוזה הינו מטפל מוכר ומוסמך לכך.